Vor der Saison 1999/2000 trennten sich Mitglieder des HEV, dessen erste Mannschaft seit der Saison 1996/97 als Herner Miners spielte, vom Verein und gründeten die ESG Herne (Eissportgemeinschaft Herne) mit dem Beinamen Twister, so dass in Herne zwei Vereine mit Mannschaften im Ligenspielbetrieb existierten. Zur Saison 1999/2000 gelang den Herner Miners der Wiederaufstieg in die Oberliga Nord, jedoch stieg die Mannschaft nach der Saison wieder ab. In derselben Saison nahmen die Herner Twister an der – damals fünftklassigen – Landesliga NRW teil.

In der Saison 2000/01 nahmen die Herner Miners an der Regionalliga NRW teil, wurden aber im Februar 2001 – nach finanziellen Problemen – wie die anderen Mannschaften, die noch unter dem Namen HEV am Spielbetrieb teilnahmen, zurückgezogen. Die Herner Twister wurden in dieser Saison Meister der Landesliga NRW und stiegen damit in die Regionalliga NRW auf. Nach dem Rückzug vom Spielbetrieb durch den HEV schlossen sich die Mitglieder dieses Vereins der ESG an. Die ESG Herne nannte sich danach in Herner EG Blizzards um. Über den HEV wurde anschließend das Insolvenzverfahren eröffnet, das im Sommer 2006 abgeschlossen wurde.

Unter dem Namen Herner Blizzards nahm die erste Mannschaft seit der Saison 2001/02 an der – viertklassigen – Regionalliga NRW teil. Als zur Saison 2004/05 in der dritten Ligenstufe die Oberliga Nord wiedereingeführt wurde, zeigte die HEG – genauso wie die Ratinger Ice Aliens – Interesse an einem Aufstieg in diese Liga, was aber wegen der Nichtfreigabe durch den Landeseissportverband Nordrhein-Westfalen nicht realisierbar war. Im November 2004 wurde dann Insolvenzantrag für die HEG eingereicht und die Saison 2005/06 in der Regionalliga NRW konnte mit Zustimmung des vorläufigen Insolvenzverwalters durchgeführt werden.

Dabei verpasste man gegen den Neusser EV nur knapp den Aufstieg in die Oberliga, wo im entscheidenden letzten Saisonheimspiel bei der Niederlage gegen Neuss mit etwa 3.500 Zuschauern die höchste Zuschauerzahl bei einem Heimspiel in dieser Saison erreicht wurde. Eine Saison später (2006/07) schaffte man mit einer Serie von 44 Siegen in Folge neben der Meisterschaft in der Regionalliga NRW auch den ersten Platz in der Aufstiegsrunde zur Oberliga, die vor durchschnittlich etwa 600–1000 Zuschauern – bei attraktiven Gegnern auch vor deutlich mehr stattfanden.

Durch die ohne Niederlage beendeten Play-offs, wo im letzten Finalspiel der RT Bad Nauheim vor 4007 Zuschauern mit 6:3 besiegt wurde, gelang der sportliche Aufstieg in die Oberliga. Organisatorisch war ab Januar 2007 die erste Mannschaft in eine neu gründete Limited ausgelagert. Der als eine der Voraussetzungen für die Oberligalizenz verlangte Abschluss des für den Verein noch laufenden Insolvenzverfahrens war bis zum 30. April 2007 nicht durchgeführt, so dass die HEG weiterhin in der Regionalliga NRW teilzunehmen hatte.

Im Sommer 2007 wurde zusätzlich zur HEG der Herner Eissportverein 2007 gegründet. Der im Gegensatz zur HEG nicht finanziell belastete Verein übernahm zuerst den Spielbetrieb der 2. Mannschaft, des Nachwuchses und der Frauenmannschaft der HEG. Wegen der nur bei der HEG liegenden Teilnahmeberechtigung an der – viertklassigen – Regionalliga NRW 2007/08 für die erste Mannschaft trat diese als Spielgemeinschaft aus beiden Vereinen – in eine neue GmbH ausgelagert – an. Die HEG sollte stattdessen nach dem endgültigen Abschluss des Insolvenzverfahrens nicht weiter am Leben erhalten werden.

Im Jahre 2007 schaffte der Verein sofort in seiner Premierensaison die sportliche Qualifikation für die Oberliga. Das Team bezwang im Play-off-Finale den Rivalen aus Dortmund im Penaltyschießen. Nach einer eher enttäuschenden Hauptrunde konnte sich das Team immer mehr steigern und setzte sich in der Aufstiegsrunde gegen die anderen Teams der Regionalliga West beziehungsweise der Regionalliga Hessen sowie der Regionalliga Baden-Württemberg durch. In den folgenden Monaten war lange Zeit nicht klar, ob der Aufstieg finanziell auch zu realisieren wäre.

Schließlich entschied sich der Mäzen des ehemaligen DEL-Klubs Füchse Duisburg, Ralf Pape, beim Herner EV 2007 als Mehrheitsgesellschafter einzusteigen. Des Weiteren übernahm er auch die Eishalle, die bis zur Saison 2008/09 umfassend renoviert wurde. Der Plan war, den Verein als eine Art „Ausbildungsplatz“ für junge Talente zu etablieren. An dem Projekt beteiligten sich neben den Füchsen aus Duisburg auch die anderen DEL-Klubs aus NRW. Somit nahm die erste Seniorenmannschaft seit der Saison von 2008 bis 2011 am Spielbetrieb der Oberliga teil.

Nach der Saison 2010/2011 stellte die Pape-Gruppe ihr Engagement im Herner Eishockey ein. Dies hatte unter anderem zur Folge, dass die zur Pape-Gruppe gehörige Betreibergesellschaft der Herner Eishalle Insolvenz anmeldete, was den Weiterbestand des Eishockeystandorts Herne ernsthaft gefährdete. Für die Saison 2011/2012 konnte sich der Herner EV mit dem Insolvenzverwalter in letzter Minute auf einen Mietvertrag einigen, der bis zum Ende der Saison (Frühjahr 2012) befristet war. In dieser Saison spielte der Herner EV allerdings trotz sportlicher Qualifikation nicht in der drittklassigen Oberliga West, sondern in der viertklassigen Regionalliga West. Zum 1. April 2012 wurde die Eishalle zur vereinseigenen Eishalle, die erworben und abgezahlt wurde. In der Saison 2012/13 schaffte es der Herner EV ungeschlagen in die Play-offs einzuziehen und beendete die Pokalrunde mit nur einer einzigen Niederlage auf Platz 1. Seit 2013 spielt der Herner EV somit wieder in der Oberliga.